윈 도 우 부팅문제 문의드립니다. Help me...T.T

PC 사용에 문제가 있어서 문의드립니다.

현재 하드디스크 하나를 파티션 C와 D로 나눠서 쓰고있습니다.(운영체제 : 윈도우 7)

현 상태는 PC를 부팅하면 부팅은 빨리 되는데

한 2~4분정도 후에 갑자기 컴퓨터가 멈춰버립니다.

그러다가 약 한시간 가까이 지나면 정상으로 돌아오면서

그때부터는 원활하게 PC를 사용할 수가 있습니다.

매 부팅시마다 이 한 시간가량을 기다리는게 정말 사람을 미쳐버리게 하는것 같습니다.

하도 답답해서 다른 PC를 가져와서(다른곳에서 아주 정상적으로 동작하던....)

그 PC의 하드디스크에 데이터를 옮기고 사용을 해봤는데 마찬가지 증상이 나타났습니다....

너무 이상해서 이 안되던 PC에 다른 하드디스크를 꽂아봤더니 정상작동을 하고...

이건 아무리봐도 하드디스크문제인데

디스크 자체적으로는 결함이 없는 것 같습니다.(로우포맷 돌려봤고 하드디스크 검사프로그램으로 검사도 해봄...)

그렇다면 여기 저장되어있는 파일들이 문제라는 결론이 나옵니다ㅜ...

(테스트할때 랜선도 뺐고 연결된 거라고는 RGB모니터, usb마우스, usb키보드, 전원케이블... 끝..)

현재 이 파일들은 모두 D드라이브에 저장되어있고 운영체제는 C드라이브에 설치되어 있습니다.

개인적으로 반드시 필요한 파일들이어서..

용량은 한 200GB정도되고 파일갯수는 5만개가 넘는 것 같습니다...(용량 작은 사진파일이 굉장히 많습니다.)

제가 궁금한 것은 D드라이브에 이처럼 다량의 파일들이 있을때

이로 인해서 운영체제가 부팅후에 장시간 렉을 먹을수 있는건지 

그리고 이같은 경우를 완화하거나 해소할수 있는 방안이 있는지

알려주시면 감사하겠습니다.ㅠㅠ

외장하드는 사정상 쓸 수 없는 상태입니다..(반드시 이 하드디스크에 내용이 다 저장되어야함...)

도와주세요... 고수님들....