윈 도 우 MBR과 GPT 방식 저장장치를 동시에 사용하면 위험한가요?

MBR 방식 SSD(a)를 사용하다가 새 SSD(b)를 설치했습니다. 
(pc에 a와 b 모두 연결한 상태)
b에 GPT 방식으로 윈도우를 설치하고 여러 가지 프로그램을 설치하고 있는데 갑자기  
시스템예약 디스크 공간이 부족하다는 알림이 뜹니다. 
파일 탐색기에서 보니 드라이브(D:) 총 용량이 약 500메가인데 여유 공간이 1메가 남았습니다.
문제를 해결하기 위해 구글에 검색하니 마이크로 소프트 커뮤니티에서 mountvol D: /d를 입력하라고 해서 입력 후 오류 알림이 사라졌습니다. 
이제 a에 있는 자료를 b로 백업하려고 a로 부팅을 했는데 블루스크린이 뜹니다. 
몇 번 재부팅을 하면서 복구 화면도 보이고... 일단 기존 a로 부팅은 성공했습니다. 
그런데 일부 프로그램, 익스플로러 북마크와 크롬 브라우저 아이콘이 날아가 있습니다.
중요한 북마크가 많은데 다 사라졌습니다.
문제가 뭘까요? 
1개의 운영체제가 아닌 2개(a와 b)의 운영체제가 설치된 저장장치가 pc에 연결되어서?
MBR과 GPT 방식이 짬뽕되어서?